Poussé par leur fabuleux public, les Anglais parviendront à accrocher le nul (4-4) mais ce sont bien les Troyens qui se qualifieront grâce à la règle des buts inscrits à l’extérieur. Dans l’arène anglaise où respire la ferveur, les Troyens mèneront (1-4) à la 71e minute de jeu après des buts de Medhi Leroy, Samuel Boutal et un doublé de Nicolas Goussé. Les Aubois enchaîneront par une victoire à Lille (1-2), avant d’être défaits à domicile par le RC Strasbourg (0-1), à la suite d’un match où les Troyens recevront deux cartons rouges en première mi-temps. Ils feront notamment un spectaculaire match nul (5-5) à domicile le 17 décembre 2004 face à la Berrichonne de Châteauroux. La première, contre l’AC Ajaccio, club de deuxième division, se solde par un match nul un à un. Malgré sa confortable avance accumulée lors de la première partie de saison, le club se retrouve obligé de gagner son dernier match à Cannes pour conserver sa 3e place, synonyme de montée convoitée par le LOSC. Malgré cinq points pris sur les cinq derniers matchs par son entraîneur intérimaire, le club termine l’année à la 19e place et est relégué en National. La saison 2008-2009 sera compliquée pour l’ESTAC et son nouvel entraîneur Ludovic Batelli.
Il ambitionne une remontée immédiate du club en Ligue 2 et fait confiance à un entraîneur expérimenté en la personne de Patrick Remy. Fort de son maintien obtenu la saison précédente, le club commence la saison 2006-2007 de Ligue 1 avec confiance. Orphelin d’Alain Perrin, Troyes va clore la phase « aller » de son championnat en position de relégable. Localisation du stade de l’Aube par rapport à la ville de Troyes. Néanmoins ils obtiendront un repêchage en Division 2 à la suite de la rétrogradation par la DNCG de Perpignan et à la non reconduction du statut professionnel du 21e et premier relégable Charleville. Alain Perrin permet au club d’atteindre la 2e division lors de la saison 1996-1997. Ainsi, l’ATAC obtient le statut de club professionnel. Cette saison historique marquera un virage dans l’histoire du club car, à l’issue de cette saison, l’entraîneur Alain Perrin mis en lumière par ses performances récentes réalisées avec Troyes va décider de quitter le club.
On retrouve cette même évolution en dehors des îles britanniques dans de nombreux pays. XIXe siècle dans les îles britanniques et dans un grand quart nord-ouest de la France. Dans cette compétition, les Aubois vont se défaire facilement des Slovaques du MFK Ruzomberok (6-1, 1-0). Le tirage au sort va offrir aux Troyens une double confrontation contre Leeds United, récent demi-finaliste de la Ligue des champions et leader de Premier League à ce moment-là de la saison. L’ESTAC aura un trou d’air après sa victoire le 11 janvier 2006 face au LOSC (1-0) grâce à un but de Blaise Matuidi (son premier en tant que professionnel). Cette même saison, ils élimineront le champion de France en titre l’AJ Auxerre (1-0) en Coupe de France, avant d’être éliminés en quart de finale de cette même compétition par le Stade lavallois (1-0). Finalement, les Aubois termineront 20e sur 22 dans en championnat et donc en position de relégable. En 1956, l’ASTS parvient en finale de la Coupe de France, éliminant Nîmes en 8e de finale, la grande équipe des rivaux du Stade de Reims en 1/4 de finale ainsi que le FC Nancy en demi-finale.
Il aura la lourde tâche de remplacer celui qui a mené le club du niveau amateur à la Coupe de l’UEFA. En 2007-2008, le club évolue à nouveau en Ligue 2 après deux saisons dans l’élite. Le nouveau technicien troyen ne pourra éviter à son club de sombrer dans les profondeurs du classement. Il devra néanmoins attendre la 6e journée pour obtenir son premier succès (2-0) à domicile face à l’OGC Nice. L’ESTAC joue ses matchs à domicile au Stade de l’Aube. Quelques années plus tard, le gardien de but Paul Bernardoni a joué un match de Ligue 2 puis quelques matchs en Ligue 1 avec le club, avant de partir en janvier 2016 aux Girondins de Bordeaux. Troyes ne gagnera que quatre matchs entre la 23e et la 32e journée. Menés notamment par le défenseur natif de Troyes Damien Perquis, le jeune attaquant prêté par l’AS Monaco Sébastien Grax et leur meneur de jeu Benjamin Nivet, ils monteront en puissance au fil de la saison. Cette saison fut également marquée par les débuts en tant que professionnel de Blaise Matuidi le prometteur milieu de terrain formé au club.
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