À la fin du XIXe siècle, l’idée d’une séparation de l’Église et de l’État fait son apparition, afin de remettre en cause le Concordat de 1801 institué par Napoléon Ier et le Saint-Siège. La transformation la plus notable de l’église médiévale a été, au XVIIIe siècle, un dernier agrandissement ainsi que la construction d’un nouveau clocher situé au-dessus de l’abside romane. ↑ Né d’un père G.I. ↑ fiche d’Andrzej Szamrach sur le site internet Histoaja. ↑ fiche de Laurent Blanc sur le site internet Histoaja. ↑ Les Girondins de Bordeaux ainsi que le Football Club Lorient sont qualifiés pour la Coupe de l’UEFA grâce à leur victoire respectivement en Coupe de la Ligue et en Coupe de France. Le club est dirigé par la société ORG Packaging depuis octobre 2016, dont James Zhou est le président-directeur général, remplacé depuis août 2022 par Baptiste Malherbe. Le score est de trois buts à zéro.
Il signe alors un contrat de trois saisons avec pour objectif, une remontée en Ligue 1 dans les trois ans. La saison suivante, l’AJ Auxerre termine quatrième et monte en deuxième division car les trois clubs qui la devancent sont des réserves d’équipes professionnelles qui n’ont pas le droit d’évoluer en deuxième division : Lyon, Saint-Étienne, Marseille. Il débute deux jours plus tard à domicile contre l’Olympique lyonnais et inscrit le premier de ses quatre-vingt-quatorze buts en Division 1. Pour sa première saison en Division 1, l’AJ Auxerre réussit deux performances : le 13 décembre 1980, elle s’impose au Parc des Princes contre le Paris Saint-Germain Football Club (3-2), puis le 7 avril 1981, l’AJ Auxerre s’impose au stade Marcel-Saupin contre le Football Club de Nantes (1-0), qui n’a plus perdu un match à domicile depuis cinq ans et quatre-vingt-douze matchs (invincibilité allant du 15 avril 1976 au 7 avril 1981), en omettant deux matches en Coupe d’Europe : le 13 septembre 1978, défaite du Football Club de Nantes face au Benfica Lisbonne (0-2) et le 19 mars 1980, défaite face au Dynamo Moscou (2-3). L’AJ Auxerre termine à la dixième place au classement final.
Elle remporte le titre de champion de l’Yonne en 1929 et participe à son premier championnat de Bourgogne en 1931. En 1936-1937, connaissant des difficultés financières, l’AJ Auxerre renonce à disputer le championnat de Bourgogne. En 1892 il s’expatrie comme premier clerc dans l’étude de Maître Boutfol notaire à Argenteuil près de Paris. C’est également dans les années 1960 que sortent de terre les immeubles du quartier de la Faisanderie, l’Île-de-France étant alors en grande pénurie de logements collectifs. Dans les années 1950, le terrain est ceinturé par une piste d’athlétisme. Une rivalité est née avec les SR Colmar lors de la saison 2010-2011, où les clubs se rencontrent en National. En 1972-1973, l’AJ Auxerre termine sixième mais la saison est embellie par la Coupe de France où l’AJ Auxerre atteint les trente-deuxièmes de finale. Les deux premiers Polonais de l’AJA sont Marian Szeja qui évolue déjà dans le championnat de France et Zbigniew Szłykowicz en 1974. Par la suite, Auxerre recrute Józef Klose, Andrzej Szarmach, Paweł Janas, Zbigniew Kaczmarek, Waldemar Matysik, maillot auxerre Henryk Wieczorek et Andrzej Zgutczyński. Afin d’assurer son maintien en Division 2, l’AJ Auxerre recrute le gardien polonais Marian Szeja qui est remplaçant au FC Metz et l’international olympique Gérard Hallet.
Le 17 août 1974, l’AJ Auxerre dispute sa première rencontre de Division 2 face à Hazebrouck et s’impose 2 buts à 1. L’AJ Auxerre évolue alors en Division 2 avec le statut amateur. Lors de la saison 1975-1976, l’AJ Auxerre atteint pour la première fois de son histoire les seizièmes de finale de la Coupe de France où elle s’incline contre l’Olympique de Marseille (0-0 à Auxerre, défaite 2-0 à Marseille). La défaite (4-2) à l’Elland Road chez les Anglais, avec notamment un doublé de Patrice Loko, côté troyen, qui a tout juste rejoint le club laisse entrevoir encore de l’espoir. Auxerre fait ses premiers pas en division 1 le 24 juillet 1980 contre le Sporting Club bastiais à Toulon car le terrain des corses est suspendu. Cette épopée épuise l’AJ Auxerre qui rate la montée en Division 1 en terminant une nouvelle fois à la quatrième place. Lors de ses deux premières saisons en Division 2, l’AJ Auxerre termine à chaque fois à la dixième place.