Entre la 32e et la 37e journée, l’AJA remporte six matchs d’affilée. Après un début de saison délicat (15e à la trêve), l’AJA réussit une meilleure seconde partie de saison, s’imposant au Stade Gerland face à Lyon et au Parc des Princes face au PSG. Le club de Ireneusz Jeleń, du capitaine Benoît Pedretti, et de Daniel Niculae, peut alors se féliciter d’avoir la meilleure défense du championnat. Mais rapidement décimée par les blessures (Ireneusz Jeleń et Anthony Le Tallec notamment), le club s’enfonce au classement et essuie 3 défaites de rang en Ligue des champions. Le programme est élaboré par le collectif Téléthon Drancy. La commune faisait partie depuis 1893 du canton de Noisy-le-Sec du Département de la Seine, puis, depuis 1967 le chef-lieu du canton de Drancy de Seine-Saint-Denis, avec une partie de la commune était rattachée au canton du Bourget. Articles connexes : Seine (département), Seine-Saint-Denis et Émeutes de 2005 dans les banlieues françaises. Inspirée des théories de l’Anglais Ebenezer Howard, elle est l’un des premiers exemples construits dans l’ancien département de la Seine. À la fin de la saison, d’un commun accord entre les parties, Jean-Luc Vannuchi quitte le club et son successeur est nommé quelques jours plus tard ; il s’agit de l’ancien attaquant nantais, le Roumain Viorel Moldovan.

Depuis le 3 septembre 2020, le club est détenu par le City Football Group à la suite de la vente du club par l’ancien propriétaire Daniel Masoni. Exclue des compétitions européennes à la suite du drame du Heysel, l’Angleterre est la première nation à édicter des règles strictes pour lutter contre la violence. Le club connaîtra une désillusion lors de la 18e journée de Ligue 2 à la suite de la défaite 1-2 à domicile face à Châteauroux. Cette série de victoires s’achève lors de la quinzième journée par une défaite au Parc des Princes face au Paris Saint-Germain. Tombés dans le « groupe de la mort », les Auxerrois sont successivement dominés par le Milan AC (0-2), le Real Madrid (0-1) et l’Ajax Amsterdam (1-2). La roue tourne néanmoins et Auxerre entame sa remontée alignant 8 matchs consécutifs sans défaite toutes compétitions confondues malgré un effectif amputé de nombreux éléments. Au cours de cette période, l’AJA s’impose notamment au Parc des Princes face au PSG (3-2) et surtout écarte l’Ajax Amsterdam 2-1 lors de la 4e journée de la Ligue des champions. À l’issue de cette saison l’AJA perd plusieurs de ses cadres : Cissé rejoint Liverpool, Mexès signe à l’AS Roma, Olivier Kapo s’engage avec la Juventus et Boumsong est recruté par les Glasgow Rangers.

Boumsong, Mexès, Kapo et Cissé participent ensuite à la Coupe des confédérations 2003 qu’ils remportent en battant en finale le Cameroun de leur coéquipier Perrier-Doumbé. ↑ Une « bombe » à Livadiá avec Kapo. Une nouvelle fois l’effectif troyen fut largement remodelé à l’intersaison avec de nombreux mouvements sur le marché des transferts. Le club se qualifie pour la seconde fois de son histoire pour la Ligue des champions après avoir écarté le Boavista Porto lors du tour préliminaire. Une fois défalqué le nombre de retraités, la répartition des actifs confirme l’impression que chaque Messimois a pu trouver un emploi dans sa spécialité. Nombre de demeures sont réquisitionnées. Amputée de son château, la ville se recouvre de propriétés et manoirs au cours du siècle : châteaux du Saut du Loup, de l’île du Prieuré, de la Commanderie, de la Faisanderie, château Bonnin puis Béjot à Cassan sortent de terre. La pointe sud de l’île du prieuré est occupée par un parc public et la pointe nord par un petit château construit sur l’emplacement des châteaux historiques. Le stade est utilisé par le Quimper Athlétisme qui utilise la piste d’athlétisme bien qu’elle soit dans un mauvais état et que le vent y souffle tellement fort que les records ne peuvent pas être homologués.

Article détaillé : Liste des joueurs du Stade lavallois. ↑ Devient président après la fusion avec le Sporting Club lavallois. James Zhou, son président devient alors l’actionnaire majoritaire du club icaunais. Le 20 mai 2006 Auxerre engage Jean Fernandez qui vient de démissionner de son poste d’entraîneur de l’Olympique de Marseille. Le 7 juin 2017, le club annonce la nomination du nouveau staff technique amené à accompagner Francis Gillot lors des saisons suivantes, avec Alain Bénédet comme premier adjoint, poste que ce dernier avait déjà occupé au côté de Gillot à Sochaux de 2007 à 2011 et à Bordeaux de 2011 à 2014. David Carré est responsable de l’équipe réserve et est accompagné de Lionel Mathis. La saison 2018-2019 voit l’AJ Auxerre à nouveau dans les profondeurs du classement. Le club enchaîne ensuite sept victoires d’affilée, et à l’issue de la quatorzième journée, l’AJ Auxerre s’empare de la tête du classement.