Battu par Lyon mais vainqueur contre Monaco à chaque fois sur un score d’un but à zéro, Lens est deuxième de sa poule et dispute le match pour la troisième place contre Montpellier (D1). Le 2 février 2002, Lens reçoit Monaco dans un match comptant pour la vingt-quatrième journée. La saison suivante, il dispute son premier match de la saison face au Tours FC (victoire 4-0) lors de la treizième journée de Ligue 2. C’est à la mi-saison, à la suite de la blessure d’Éric Marester, que Jean-Charles gagne une place durable dans le onze titulaire auxerrois. La France, excellente, va jusqu’en finale et perd face à la Tchéquie de Petr Čech et Milan Baroš. Lors de son dernier match avec ce club, le 23 janvier 2008, Boumsong marque le but égalisateur contre les rivaux de l’Inter de Milan lors d’un match de Coupe d’Italie. Fin octobre se déroulent les huitièmes de finale de la Coupe de la Ligue avec l’entrée en lice d’Auxerre face à Bastia. Boumsong participe au dernier match, face à l’Italie (0-2), entrant à la 26e minute à la place de Samir Nasri (qui venait de remplacer Franck Ribéry) après l’expulsion d’Éric Abidal. Pour ses deux premières saisons à ce niveau, l’AJ Auxerre termine à la troisième place.

3e place. Le 24 août 2012 réalise sa troisième victoire en trois matchs dans son stade de l’Abbé-Deschamps. Il marque son premier but lors d’une victoire 2-0 contre le Panserraikos FC. Il participe donc rapidement à son premier match sous ses nouvelles couleurs lors d’une victoire 4 buts à 1 contre le FC Sochaux-Montbéliard au Stade Gerland le 8 février 2008. Par ailleurs, il inscrit son premier but pour Lyon le 4 avril 2009 contre Le Mans FC. Certains clubs disposent également de publics d’une fidélité à toute épreuve malgré des résultats médiocres depuis plusieurs générations. Défenseur central de formation, il est repositionné dans un premier temps à droite avec son club ainsi qu’en sélection à l’Euro U17. Ainsi, le solide défenseur connaît sa première sélection en équipe de France le 20 juin 2003 (victoire 2 buts à 1 face au Japon et obtient un penalty dans le Chaudron stéphanois de Geoffroy-Guichard), lors de la Coupe des confédérations. ↑ « Face à Face : Championnat D1 2001/02 O.L. Prenant part en tant que titulaire indiscutable à quasiment tous les matchs de qualification des Bleuets pour le championnat d’Europe Espoirs 2002 organisé en Suisse, Boumsong est donc logiquement sélectionné à la fin de la saison 2001-2002 pour jouer l’Euro Espoirs.

Jacques Santini lui fait confiance de nouveau pour une grande compétition, en l’occurrence l’Euro 2004 au Portugal. Santini parti à Tottenham, Raymond Domenech devient le nouveau sélectionneur des Bleus. En mai 2008, il est dans la liste de Raymond Domenech pour participer à l’Euro 2008. Les Bleus sont éliminés dès le premier tour. Boumsong déclare qu’il a rejoint Lyon afin d’augmenter ses chances de jouer l’Euro 2008 avec l’équipe de France entraîné par Raymond Domenech. Qualifiée pour les barrages de promotion, son équipe est éliminée par Le Havre au premier tour des play-offs. La semaine suivante, il est titulaire lors du déplacement au SV Zulte Waregem (défaite 2-0) puis le 26 août pour le match retour du dernier tour de qualification pour la Ligue des champions face à Manchester United (défaite 0-4). Ce seront ses seules titularisations avant d’être prêté au Royal Excel Mouscron lors du mercato hivernal. Il fait ses débuts en Coupe du monde lors du deuxième match de la phase de groupes face à la Serbie (3-3), inscrit un but et délivre une passe décisive permettant à son équipe de revenir au score. La France perd contre l’Autriche (1-3) avec un match catastrophique signant le retour en bleu de Mexès, gagne contre la Serbie (2-1) et fait un nul (2-2) en Roumanie.

Ce match se conclut aux tirs au but après un match s’étant terminé sur un score nul et vierge. Les Bleuets perdent la finale lors de la séance de tirs au but. Le 7 mai 2022, il est titulaire en finale et remporte la Coupe de France avec le FC Nantes. Dans la foulée, il gagne la Coupe de France 1976, et l’OM lui propose un contrat de quatre ans. « Bon à savoir, mon contrat n’a jamais été signé, et puis je n’ai pas eu de contact avec la fédération camerounaise de football depuis que j’ai quitté Le Caire en juillet. Pour le contrat, il y a eu des négociations qui ont été faites, il y a eu un accord, sauf que le contrat n’a pas été formalisé. Depuis sa fin de contrat avec le Panathinaïkos, Jean-Alain Boumsong commente des matchs de Ligue 1, Ligue des champions et Ligue Europa sur BeIN toujours en binôme avec Xavier Domergue. Domenech est toujours le sélectionneur et convoque Boumsong pour les trois matchs de qualifications pour la Coupe du monde 2010 face à l’Autriche, la Serbie et la Roumanie. La France remporte la compétition face au Cameroun (1-0 ap). Il étrenne pour la première fois ses nouvelles couleurs en Corse face à l’AC Ajaccio (2e journée, défaite 2-1). Titulaire à 33 reprises en Ligue 2, il forme la charnière centrale au côté d’Anthony Weber.

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