Le troisième match amical voit l’AJ Auxerre affronter le Dijon FCO et se termine sur un score de parité 1-1. Sébastien Haller inscrit son 3e but en 3 matchs de préparation. Depuis les années 1990-2000, l’AJA met en vente un troisième maillot; celui-ci est parfois composé de couleurs loufoques et folkloriques comme le maillot 2007-2008 de couleur chocolat et rose. Jusqu’à l’accession du club en division 1 en 1980, le maillot est à dominante bleue. Le 19 avril 2013, la reprise du club est officialisée. Lors de celle-ci, Auxerre, alors 2e, reçoit le 30 avril le leader du championnat, l’Olympique de Marseille, dans le match au sommet de journée. Avril : Scott 1000 bosses (course de cyclisme longue-distance). Le 3 juin 2023, l’AJ Auxerre, qui était en concurrence avec le FC Nantes pour le maintien, s’incline contre le RC Lens (1-3) et connaît de nouveau la descente en Ligue 2, seulement 1 an après l’avoir quitté. Le capitaine auxerrois, Birama Touré permet à son club de retrouver l’élite du football français dix ans après l’avoir quittée.

↑ France Football N°1939. ↑ Bien que l’affluence soit noté 11 012 spectateurs sur certains sites, l’affluence est bien de 11 102 spectateurs. À cause de la faiblesse de l’éclairage, il est difficile de bien voir les maillots bleus en nocturne. Laurent Fournier est alors remplacé par Jean-Guy Wallemme. Laurent Fournier est désigné pour succéder à Fernandez. Pour sa première saison au club, Fernandez conduit l’AJA à la huitième place en championnat. Mis à part des tentatives allemandes à l’occasion des Jeux olympiques durant l’été 1936 puis du match Allemagne – Italie le 15 novembre 1936, c’est une première. Après une première saison chamboulée par la pandémie de Covid-19, l’AJ Auxerre parvient enfin à intégrer durablement le Top 5 du championnat de Ligue 2 à la fin de l’année 2020, grâce à une attaque emmenée par Mickaël Le Bihan. Cette victoire emmène l’AJ Auxerre dans des barrages aller-retour contre l’AS Saint-Étienne, 18e de Ligue 1 à l’issue de la saison. Il existe également des coupes dites de la Ligue, rassemblant dans certains pays les seuls clubs professionnels.

La montée en puissance des droits versés par la télévision permet aux clubs professionnels de s’émanciper un peu, mais le problème reste entier au niveau amateur. Après un match tendu, les bourguignons éliminent leurs voisins franc-comtois aux tirs au but (0-0 ap, 5-4 t.a.b). Elle affronte tout d’abord Sochaux, qui avait éliminé le Paris FC lors du premier match. Pour remplacer Furlan, les dirigeants optent pour Christophe Pélissier, l’ancien entraîneur de Lorient qui dès son premier match repart avec un succès, lors de la 13ème journée face à Ajaccio, sur le score de 1 à 0 . Les Lombards battent une nouvelle fois l’AJA sur un score identique qu’au match aller et les éliminent de la compétition. Le soir, l’AJA affronte le Futbolnyy Klub Chakhtar Donetsk pour le match du centenaire. À l’issue de la saison 2004-2005, l’AJA célèbre son centenaire par de nombreux événements. Le 20 mai 2006 Auxerre engage Jean Fernandez qui vient de démissionner de son poste d’entraîneur de l’Olympique de Marseille. Les hommes de Jean Fernandez pointent à 5 points de ceux de Didier Deschamps.

Le club termine la saison 2016-2017 à la 17e place du championnat avec 5 points d’avance sur le 18e et barragiste: l’US Orléans. Le club enchaîne notamment une série de 8 matchs dans lesquels il ne prendra que 4 points entre la 5e et la 12e journée du championnat. Alors que Persan, Beaumont-sur-Oise ou Taverny ont pris des modèles de développement et d’urbanisme propres aux banlieues de Paris de grande couronne, L’Isle-Adam et les communes qui l’entourent ont fait le choix dans la seconde moitié du XXe siècle d’un développement fondé sur la qualité de vie. Après un début de saison délicat (15e à la trêve), l’AJA réussit une meilleure seconde partie de saison, s’imposant au Stade Gerland face à Lyon et au Parc des Princes face au PSG. Auxerre retrouve la Ligue 1 le week-end du 6-7 août 2022 contre le LOSC Lille à la Décathlon Arena Stade Pierre-Mauroy. Au tour suivant, Lens affronte l’Olympique de Marseille au stade Félix-Bollaert, trois ans après avoir battus les Olympiens à ce même stade de la compétition trois buts à un.