Lors de son dernier match avec ce club, le 23 janvier 2008, Boumsong marque le but égalisateur contre les rivaux de l’Inter de Milan lors d’un match de Coupe d’Italie. Après son retour de blessure, il est toujours très peu utilisé par Claudio Ranieri. Son remplaçant, Claudio Ranieri, fait vite comprendre à Boumsong qu’il ne compte pas sur lui pour cette saison. Il participe donc rapidement à son premier match sous ses nouvelles couleurs lors d’une victoire 4 buts à 1 contre le FC Sochaux-Montbéliard au Stade Gerland le 8 février 2008. Par ailleurs, il inscrit son premier but pour Lyon le 4 avril 2009 contre Le Mans FC. Les capacités défensives de Boumsong ont commencé à diminuer et il a souvent été accusé d’être responsable de plusieurs buts concédés. Cependant, comme Boumsong avait joué le nombre de match requis pour les Glasgow Rangers cette saison-là, il reçut la médaille du vainqueur du championnat écossais, même s’il n’a participé qu’à la moitié de la saison avec le club écossais.
Glasgow Rangers gratuitement quelques mois auparavant et que Newcastle n’avait montré aucun intérêt pour le faire signer à l’époque. C’est alors que l’Olympique lyonnais montre son intérêt pour l’international français. En coupe, le Recreativo sort dès son entrée dans la compétition, malgré avoir obtenu une victoire lors du match retour grâce notamment à un but du joueur ivoirien, le seul de la saison. Habitué à jouer aux côtés de Cris, Claude Puel son nouvel entraîneur, le confirme dans son statut de titulaire et lui affirme sa confiance. Alain Perrin, son entraîneur a confiance en lui. Jacques Santini lui fait confiance de nouveau pour une grande compétition, en l’occurrence l’Euro 2004 au Portugal. Bien qu’il ait commencé difficilement la saison, il améliore progressivement ses performances et gagne la confiance des supporters. Boumsong déclare qu’il a rejoint Lyon afin d’augmenter ses chances de jouer l’Euro 2008 avec l’équipe de France entraîné par Raymond Domenech. Défenseur central de formation, il est repositionné dans un premier temps à droite avec son club ainsi qu’en sélection à l’Euro U17. La ligne du réseau de bus Busval d’Oise 95.16 dans son trajet Vallangoujard – L’Isle-Adam Grand Val dessert la commune.
La saison suivante, il dispute son premier match de la saison face au Tours FC (victoire 4-0) lors de la treizième journée de Ligue 2. C’est à la mi-saison, à la suite de la blessure d’Éric Marester, que Jean-Charles gagne une place durable dans le onze titulaire auxerrois. Son passage dans le Tyneside est assez mitigé. Ce mercato sera marqué par le départ du très prometteur Bryan Mbeumo dans le club anglais de Brentford FC évoluant en Championship. La victoire à domicile le 21 mai 1980 face à l’AS Cannes permet au club d’accéder à la première division et de devenir champion de la deuxième division en battant le champion de la Division 2 A : le Tours FC. Le 11 mai 2012, l’ESTAC retrouve officiellement de nouveau la première division après une victoire (0-2) décrochée lors de la 37e journée sur le terrain de l’AS Monaco. Sa popularité amène ses fans a crié la première syllabe de son nom, en allongeant le son d’une manière semblable aux fans d’Arsenal chantant le nom de Nwankwo Kanu. En septembre 2006, Boumsong marque son premier but pour son nouveau club lors d’un match contre le FC Crotone, que la Juventus remporte par 3 à 0 ; c’est Valeri Bojinov qui inscrit les deux autres buts de la rencontre.
Ainsi, le solide défenseur connaît sa première sélection en équipe de France le 20 juin 2003 (victoire 2 buts à 1 face au Japon et obtient un penalty dans le Chaudron stéphanois de Geoffroy-Guichard), lors de la Coupe des confédérations. Le 10 juillet, le RC Lens rencontre à Saint-Malo l’EA Guingamp, alors en première division (D1). La deuxième saison du club en première division démarre remarquablement puisqu’au bout de huit matches, les Mayennais sont troisièmes, à trois points des deux premiers. Durant sa première saison à Newcastle, ses capacités défensives sont louées ainsi que son entente avec son coéquipier Titus Bramble. Dès le 22 août 2009, lors de sa première titularisation de la saison, il ouvre le score contre l’AJ Auxerre. Le 10 février 2009, Domenech l’appelle pour affronter l’Argentine de Diego Maradona deux jours plus tard à Marseille. Au 5 juin 2009, Jean-Alain Boumsong compte 27 sélections (1 but) en équipe de France A et 2 sélections en équipe de France A’.
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